一年一度的七夕即将到来,东京、神奈、静冈、长野等地却接连发生六起连环杀人案,被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇怪暗示。由于作案范围过大,各地警署探员纷纷聚到东京警署的专案组共同研究案情,毛利小五郎也被邀请参加,柯南则偷偷听取了会议的内容。会后,柯南无意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣,继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕行动中,柯南遇到假扮人质的Vermouth,得知近期一连串的杀人案件与存有组织内部人员资料的记忆卡有关。与此同时,潜入警察内部的间谍偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹,新一的身份眼看被拆穿,巨大的危险正向他和身边的人急速袭来……
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