物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。
女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝,但她不是来逮捕爱丽丝的,而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。
爱丽丝要去南方的故乡,娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进,但是大路前方,是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏,而娜蒂的主雇茱迪小姐,也似乎有所隐瞒。学者道格拉斯·罗森伯格则按兵不动,似乎一切都在他的计划之中。
魔女的传说,路途的危机四伏,娜蒂与爱丽丝能到达她们的目的地吗?
《魔女猎人》是部反映多主题的动画片,观众可从中观察到弱肉强食的社会也可看到对真善美的传递和描述。《魔女猎人》完美的诠释了人该如何面对自我,营造一个光怪陆离的世界,这部动画是导演最为出色的佳作。故事简单但打动人心,传递着最为真挚的情感,《魔女猎人》有着对爱的探讨,爱作为一种情感,本身很难有一个精确的定义,主角从一开始的冷漠、自私、怯懦,逐渐变成了一个懂爱的女孩,她忍耐、恩慈、包容,这些都是爱所包含的元素。侧面反映出了善良总是能压倒一切,只要付出,善良的人总会获得回报。